根據(jù)日本國家行政體制，政府各部門在自己分工權(quán)限范圍內(nèi)，對有關(guān)進(jìn)出口商品檢驗(yàn)工作實(shí)行分工管理。通商產(chǎn)業(yè)省（分管全國所有工業(yè)生產(chǎn)和商業(yè)、外貿(mào)等事務(wù)），負(fù)責(zé)進(jìn)出口工業(yè)品的檢驗(yàn)管理；農(nóng)林水產(chǎn)�。ǚ止苋珖r(nóng)林牧漁和食品等的生產(chǎn)），負(fù)責(zé)全國進(jìn)出口農(nóng)林水產(chǎn)品和食品的檢驗(yàn)和檢疫管理；厚生�。ǚ止苋珖t(yī)療衛(wèi)生事務(wù)），負(fù)責(zé)進(jìn)出口食品、醫(yī)藥品等衛(wèi)生方面的檢驗(yàn)和管理；運(yùn)輸�。ǚ止芎�、陸、空客貨運(yùn)輸事務(wù)），負(fù)責(zé)進(jìn)出口商品運(yùn)載計(jì)量和安全方面的檢驗(yàn)管理。 日本政府對進(jìn)出口商品檢驗(yàn)管理主要有三個方面：
1、通過國家立法進(jìn)行管理
日本政府十分重視發(fā)揮法律對社會經(jīng)濟(jì)發(fā)展的促進(jìn)作用，陸續(xù)頒布一系列法律法規(guī)，如《出口檢查法》、《食品衛(wèi)生法》、《工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化法》、《出口設(shè)計(jì)法》、《產(chǎn)品責(zé)任法》等等，通過立法形式建立加強(qiáng)進(jìn)出口商品檢驗(yàn)管理的依據(jù)。這些法律明確規(guī)定進(jìn)出口生產(chǎn)、加工、經(jīng)營、銷售單位以及商品檢驗(yàn)、海關(guān)等執(zhí)法部門的法律義務(wù)和責(zé)任，對違法者進(jìn)行法律制裁。
2、對重點(diǎn)進(jìn)出口商品實(shí)行強(qiáng)制性檢驗(yàn)
根據(jù)《出口檢查法》等有關(guān)法律的規(guī)定，日本政府有關(guān)部門根據(jù)需要，規(guī)定了若干必須由政府或政府指定的民間檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)檢驗(yàn)的商品種類， 亦稱法定檢驗(yàn)商品種類。凡被列為法定檢驗(yàn)范圍的商品，有關(guān)生產(chǎn)經(jīng)營企業(yè)必須向政府或政府指定的檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)申報(bào)檢驗(yàn)，經(jīng)這些檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)檢驗(yàn)合格后，發(fā)給檢驗(yàn)合格證書，并對商品加附BESST標(biāo)志，經(jīng)海關(guān)審核驗(yàn)證后予以通關(guān)放行。如發(fā)現(xiàn)違反檢驗(yàn)法律的行為，海關(guān)即將情況通知政府有關(guān)部門，由政府的檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)復(fù)驗(yàn)、調(diào)查核實(shí)，提交地方法院，由法院視情對違反法律的當(dāng)事人進(jìn)行處罰。
3、對民間檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)實(shí)行監(jiān)督管理
為了使有關(guān)進(jìn)出口商品檢驗(yàn)法律順利實(shí)施，日本政府十分重視組織和利用社會檢驗(yàn)力量。日本國內(nèi)的一些民間檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)由政府主管當(dāng)局根據(jù) 《出口檢驗(yàn)法》的規(guī)定批準(zhǔn)營業(yè)，代表政府對出口商品進(jìn)行檢驗(yàn)，承擔(dān)著"法定檢驗(yàn)"的任務(wù)。為了保證檢驗(yàn)工作的公正準(zhǔn)確，這些民間機(jī)構(gòu)在政府的嚴(yán)格控制下進(jìn)行工作，日本政府對有關(guān)民間檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)的檢驗(yàn)技術(shù)水平、檢驗(yàn)設(shè)備手段、檢驗(yàn)范圍和能力以及組織結(jié)構(gòu)進(jìn)行考核認(rèn)證。對具備條件的授權(quán)代表政府執(zhí)行有關(guān)進(jìn)出口商品的法定檢驗(yàn)。政府部門對所指定的民間檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)的檢驗(yàn)業(yè)務(wù)和檢驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行監(jiān)督管理，不定期進(jìn)行抽查，如發(fā)現(xiàn)問題可撤銷授權(quán)。政府有關(guān)部門還對指定檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)的領(lǐng)導(dǎo)人實(shí)行任命，如委派剛退出現(xiàn)職的農(nóng)林省次長或糧食廳長擔(dān)任日本谷物檢定協(xié)會的會長和理事長；由運(yùn)輸省大臣確認(rèn)日本海事檢定協(xié)會的理事以上干部，并發(fā)給確認(rèn)書等；對其一般官員和雇員的聘用、解雇和處罰，都有嚴(yán)格的規(guī)定，所有工作人員都必須注冊。
日本政府委托官方和民間檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)對指定的出口商品進(jìn)行檢驗(yàn)。所謂"指定商品"，是指由日本"出口商品檢驗(yàn)和設(shè)計(jì)促進(jìn)委員會"提出指定出口商品目錄建議，由內(nèi)閣發(fā)布命令加以指定。日本《出口檢驗(yàn)法》規(guī)定，每一種指定的出口商品都由行政法規(guī)規(guī)定其檢驗(yàn)標(biāo)準(zhǔn)，一旦出口商品質(zhì)量達(dá)不到這些標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定，不管出口商或進(jìn)口商擔(dān)保與否，都不準(zhǔn)出口。指定的商品未經(jīng)法定檢驗(yàn)而出口的，將對出口人簽發(fā)制止令，并處以罰款。偽造或涂改檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)證書的，將被視為特別嚴(yán)重的"偽造公文罪"，其受到的處罰遠(yuǎn)遠(yuǎn)重于一般的偽造公文罪。