1．總RNA的提取（Northern 雜交）
2．第一鏈合成：
(1)總RNA樣品 2μg；cDNA合成引物 1μl；加ddH2O補至5μl。將管標號為1A,2A,PC A等。PC為陽性對照。
(2)混勻后稍離心。
(3）70℃孵育3min，冰浴2min后稍離心。
(4）準備dNTP mix (以5管為例 )
每管 5管
5×第一鏈緩沖液 2μl 10μl
dNTPmix（各5mM） 2μl 10μl
MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶（200u/μl） 1μl 5μl
5μl 25μl
(5）每管加入5μl，混勻后稍離心。
(6）42℃孵育1hr。
(7）75℃ 10min終止反應后置冰上，稍離心。
(8)將2μl反應液分別轉(zhuǎn)至新管中（新管標號為1B,2B,PC B等）。
(9) 將78μl ddH2O分別加入B管中,混勻。
(10)將72μl ddH2O分別加入A管中，混勻。
(11）將所有cDNA稀釋液 -20℃保存待用。
3．dd-PCR: 以 引物P1,T9為例說明
（0.5ml PCR管,1代表對照組,2代表實驗組）
管號 cDNA樣品 引物
(1) 1A P1,T9
(2) 1B P1,T9
(3) 2A P1,T9
(4) 2B P1,T9
(5) H2O P1,T9
(6) RNA1 P1,T9
(7) RNA2 P1,T9
以下為陽性對照反應體系
(8) PC 1A P10,T8
(9) PC 1B P10,T8
(10) PC 2A P10,T8
(11) PC 2B P10,T8
(12) H2O P10,T8
(13) PC RNA1 P10,T8
(14) PC RNA2 P10,T8
在PCR 管中加入:
① cDNA樣品 1μl
P引物 1μl
T 引物 1μl
② 準備其它 PCR試劑的混合液: (在另一管中加入)
成分 每管(μl) 所需管數(shù)( n=14)
10×buffer 2.0 2n
ddH2O 14.0 14n
dNTPmix 0.2 0.2n
α-32P dATP 0.4 0.4n
Taq酶 0.4 0.4n
終體積 17.0 17 n
混勻后稍離心。
③ 將17μlPCR混合液加入各反應管，則各管總體積為20μl。
④ 開始PCR擴增。
⑤ PCR循環(huán)參數(shù)：
在GeneAmp PCR Systems 2400 & 9600 擴增儀上執(zhí)行以下程序：
94℃ 5min
1 cycles 40℃ 5min
68℃ 5min
94℃ 30sec
2 cycles 40℃ 30sec
68℃ 5min
94℃ 20sec
23 cycles 40℃ 30sec
68℃ 2min
1 cycles 68℃ 7 min。
⑥ 反應結束后置-20℃保存?zhèn)溆谩?
4．電泳和放射自顯影
(1）配制6%變性聚丙烯酰胺凝膠，灌注測序板。
(2）預電泳30min。
(3）每個dd-PCR反應取出5μl于一新微量離心管中，加5μl loading
buffer，混勻，離心，置94℃變性2min。立即置冰浴。
(4)停止預電泳，沖洗加樣孔。
(5)加樣2μl。70W電泳2.75hr至二甲苯青到達膠的底部。
(6）下膠：（同測序膠）
(7）干膠：在膠表面覆上保鮮膜，80℃干膠30min。
(8)X光片-70℃曝光過夜或更長時間(根據(jù)射線強度而定)。
圖2-6顯示了dd-PCR放射自顯影的X光片
5．差異條帶回收再擴增
(1）X光片經(jīng)D72顯影、酸性定影液定影后，水洗晾干。置X光片燈上比較尋找差異條帶。
(1) 用一次性手術刀片在膠上切割差異條帶，加ddH2O 20μl，沸水浴15min，離心取上清為模板。
(3) 以原引物擴增：
回收DNA 7 μl
10×PCR buffer 5 μl
5mM dNTPmix 0.5 μl
引物P 2.5 μl
引物T 2.5 μl
Taq酶 2 μl
加ddH2O至總體積為50μl
(4) 執(zhí)行PCR程序:
93℃3min；93℃1min→60℃1min→68℃2min，20次循環(huán)；68℃5min。
(5) 取PCR產(chǎn)物10μl 2%瓊脂糖電泳檢測。
(6) PCR產(chǎn)物乙醇沉淀，10μlddH2O溶解。
6．以PCR產(chǎn)物為探針，標記后進行Northern雜交，證實基因的真實性。
7．PCR產(chǎn)物的TA克隆。
8．DNA序列測定。
9．檢索分析。
