彩色PCR（Color complement assay）直譯為“著色互補(bǔ)性檢測(cè)”，是LP-PCR的一種，彩色PCR意譯更為明確：它用熒光染料標(biāo)記引物的5’端。熒光染料JOE和FAM呈綠色熒光；TAMRA呈紅色熒光；COUM呈藍(lán)色熒光。不同熒光標(biāo)記的引物同時(shí)參加反應(yīng)，擴(kuò)增后的目的基因會(huì)分別帶有引物5’端的染料，通過(guò)電泳或離心沉淀，肉眼就可以根據(jù)不同熒光的色澤判斷目標(biāo)基因是否存在及擴(kuò)增基因的類(lèi)型。通常僅需2種不同顏色的引物，一種作為基因檢測(cè)引物；另一種作為控制條件的內(nèi)對(duì)照，即可診斷基因缺失、染色體易位或感染某種病毒。檢測(cè)多種點(diǎn)突變時(shí)，可用更多的色彩，如多點(diǎn)突變的遺傳病、幾種可疑病毒感染、HLA位點(diǎn)分析都可以用彩色PCR同時(shí)檢測(cè)多個(gè)位點(diǎn)。