1、凝膠電泳分析
PCR產(chǎn)物電泳，EB溴乙錠染色紫外儀下觀察，初步判斷產(chǎn)物的特異性。PCR產(chǎn)物片段的大小應與預計的一致，特別是多重PCR，應用多對引物，其產(chǎn)物片斷都應符合預訐的大小，這是起碼條件。瓊脂糖凝膠電泳通常應用1～2%的瓊脂糖凝膠，供檢測用；聚丙烯酰胺凝膠電泳時，6～10%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離效果比瓊脂糖好，條帶比較集中，可用于科研及檢測分析。
酶切分析：根據(jù)PCR產(chǎn)物中限制性內(nèi)切酶的位點，用相應的酶切、電泳分離后，獲得符合理論的片段，此法既能進行產(chǎn)物的鑒定，又能對靶基因分型，還能進行變異性研究。
2、分子雜交
3、Southern印跡雜交： 在兩引物之間另合成一條寡核苷酸鏈(內(nèi)部寡核苷酸)標記后做探針，與PCR產(chǎn)物雜交。此法既可作特異性鑒定，又可以提高檢測PCR產(chǎn)物的靈敏度，還可知其分子量及條帶形狀，主要用于科研。
4、斑點雜交： 將PCR產(chǎn)物點在硝酸纖維素膜或尼膜薄膜上，再用內(nèi)部寡核苷酸探針雜交，觀察有無著色斑點，主要用于PCR產(chǎn)物特異性鑒定及變異分析。
5、核酸序列分析：是檢測PCR產(chǎn)物特異性的最可靠方法。