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Blastn之引物序列驗證篇

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-07-01

先找到需要設(shè)計引物的目標基因的在有引物序列的mRNA序列,可以通過全文(如最先發(fā)現(xiàn)該基因的文章),全文中有時可以找到大鼠c-jun mRNA序列的ACCESSION NUMBER,在PubMed中的“Nucleotide”中用此ACCESSION NUMBER就能找到序列?梢岳眠@個ACCESSION NUMBER在PubMed中的“Nucleotide”中搜索到序列后,點擊右邊的“Links”,再點擊里面的“Related Sequences”就能找到所有的大鼠c-jun mRNA序列及其他物種的一些c-jun mRNA序列。

文獻中的引物最好先驗證其序列正確,并用軟件分析引物比較好后再采用。通過BLAST驗證,既可知道序列是否正確,也可同時了解引物的特異性、引物的位置及PCR產(chǎn)物的大小等。

 

如果僅僅是為了驗證引物序列是否正確(僅適合于基于完全匹配原則設(shè)計的引物),也可以用Blast的“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”搜索,具體方法為:

1. 打開Blast,點擊“Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn)”或“Search for short, nearly exact matches”

2. 等新頁面完全顯示后,將引物序列直接copy到“Search”框(沒有必要將下游引物序列轉(zhuǎn)換成其互補鏈),下面3種方法都可以(我覺得這3種方法的搜索結(jié)果沒有什么區(qū)別,沒仔細比較過哦。
。ǎ保┲苯涌截惿嫌我镄蛄,然后直接將下游引物序列拷貝在上游引物后面
。ǎ玻┲苯涌截惿嫌我镄蛄校谏嫌我镄蛄泻蠹右豢崭,然后直接將下游引物序列拷貝在空格后面
 (3)直接拷貝上游引物序列,換行,然后直接拷貝下游引物序列

注意:記住上、下游引物的長度,如上游引物為19bp、下游引物為18bp,這在查看Blast結(jié)果時有用。

3. 點擊“BLAST!”,新頁面完全出來以后,點擊“Format!”。

4. 結(jié)果完全出來后,查找有沒有和1-19、20-37同時完全匹配的基因,其他的就不用考慮了。當然,如果下游引物序列所對應(yīng)的基因片段的3'端正好和上游引物序列的3'端的1或2個堿基互補,那就可能是19-37或18-37。

如果有,那你的引物序列就是正確的。從文獻上查的引物,除了要用Blast驗證其序列是否正確外,還是應(yīng)該用軟件分析分析到底引物好不好。

 

 

 
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