定量PCR(Polymerase Chain Reaction)技術(shù)有廣義概念和狹義概念。廣義概念的定量PCR技術(shù)是指以外參或內(nèi)參為標(biāo)準(zhǔn),通過(guò)對(duì)PCR終產(chǎn)物的分析或PCR過(guò)程的監(jiān)測(cè),進(jìn)行PCR起始模板量的定量。
??廣義概念下的定量PCR技術(shù)可以分為五種類(lèi)型:
(1)外參法 終產(chǎn)物分析。所謂“外參法”是指樣本與陽(yáng)性參照在兩個(gè)反應(yīng)容器內(nèi)反應(yīng)。這種類(lèi)型沒(méi)有對(duì)樣本進(jìn)行質(zhì)控監(jiān)測(cè),易出現(xiàn)假陰假陽(yáng)結(jié)果,沒(méi)有監(jiān)測(cè)擴(kuò)增效率,定量不準(zhǔn)。
(2)內(nèi)參法 終產(chǎn)物分析。所謂“內(nèi)參法”是指樣本與陽(yáng)性參照在一個(gè)反應(yīng)容器內(nèi)反應(yīng)。這種類(lèi)型對(duì)樣本進(jìn)行質(zhì)控監(jiān)測(cè),排除假陰結(jié)果,但是定量不準(zhǔn)。
(3)外標(biāo)法 過(guò)程監(jiān)測(cè)。這種類(lèi)型監(jiān)測(cè)擴(kuò)增效率,陽(yáng)性樣本定量準(zhǔn),但是無(wú)法排除假陰結(jié)果。
(4)內(nèi)參法 過(guò)程監(jiān)測(cè)。由于樣本與陽(yáng)性參照在一個(gè)容器內(nèi)反應(yīng),用同樣的Taq酶和反應(yīng)參與物,存在竟?fàn)幮砸种,起始模板量濃度高的反?yīng)會(huì)抑制起始模板量濃度低的反應(yīng),所以定量不準(zhǔn)。
(5)外標(biāo)法 過(guò)程監(jiān)測(cè) 內(nèi)對(duì)照。這種類(lèi)型監(jiān)測(cè)擴(kuò)增效率,陽(yáng)性樣本定量準(zhǔn),同時(shí)排除假陰結(jié)果。這種類(lèi)型是應(yīng)該提倡的。PCR過(guò)程的監(jiān)測(cè)有多種檢測(cè)模式。最常用的有三種檢測(cè)模式:
(1)R Green I 檢測(cè)模式。溫度循環(huán)為94—55—72°C三步法,只有引物,無(wú)探針,熒光染料鑲嵌在雙股螺旋鏈中間。通過(guò)對(duì)特定方向的強(qiáng)熒光檢測(cè)獲得信號(hào),這種試劑檢測(cè)模式易產(chǎn)生非特異信號(hào),且本底光較大。
(2)解探針模式(Taqman)Hydrolysis Probe 。溫度循環(huán)為94—60°C二步法,不僅有引物,還有另外一個(gè)特異針對(duì)擴(kuò)增模板的探針在引物對(duì)之間。在探針相鄰兩個(gè)堿基上分別結(jié)合兩個(gè)熒光染料,一個(gè)染料接受激發(fā)光得到的能量傳給了第二個(gè)染料,接受能量的第二個(gè)染料通過(guò)發(fā)射特征光子回到穩(wěn)定態(tài)。當(dāng)Taq酶在60°C延伸擴(kuò)增鏈時(shí),遇到探針,利用Taq酶5`—3`外切酶活性將探針?biāo)獬蓡蝹(gè)堿基,單個(gè)堿基之間距離較遠(yuǎn),第一個(gè)染料的能量無(wú)法傳給第二個(gè)染料,只好通過(guò)發(fā)射特征光子回到穩(wěn)定態(tài),通過(guò)對(duì)溶液中第一個(gè)染料的熒光檢測(cè)獲得信號(hào)。這種試劑檢測(cè)模式增加了檢測(cè)信號(hào)的特異性,但是由于利用了Taq酶5`—3`外切酶活性,一般試劑廠家只給Taq酶的聚合酶活性定標(biāo),沒(méi)有同時(shí)給Taq酶5`—3`外切酶活性定標(biāo),不同批號(hào)試劑之間會(huì)給定量帶來(lái)差異。另外對(duì)探針的熔點(diǎn)溫度(Tm)僅要求其高于60°C,這就使不同試劑盒之間的特異性參差不齊,而且無(wú)法做質(zhì)控檢測(cè)。
(3)雜交探針(Hybridization Probes)模式。溫度循環(huán)為94—55—72°C三步法,有引物,二個(gè)特異針對(duì)擴(kuò)增模板相鄰的探針在引物對(duì)之間,在一個(gè)探針3`堿基上結(jié)合一個(gè)熒光染料,在另一個(gè)探針5`堿基上結(jié)合第二個(gè)熒光染料。在55°C時(shí),兩個(gè)探針都剛好接合在模板上,第一個(gè)染料接受激發(fā)光得到的能量傳給了第二個(gè)染料,接受能量的第二個(gè)染料通過(guò)發(fā)射特征光子回到穩(wěn)定態(tài),通過(guò)對(duì)結(jié)合在擴(kuò)增模板上雙探針中第二個(gè)染料的熒光檢測(cè)獲得信號(hào)。這種試劑檢測(cè)模式中熒光信號(hào)與特定雜交溫度相關(guān),探針的濃度始終保持不變,因此可以在擴(kuò)增后檢測(cè)熔解曲線作為信號(hào)的特異性質(zhì)控。另外這種試劑檢測(cè)模式可以用于點(diǎn)突變檢測(cè)。
??狹義概念的定量PCR技術(shù)(嚴(yán)格意義的定量PCR技術(shù))是指用外標(biāo)法(熒光雜交探針保證特異性)通過(guò)監(jiān)測(cè)PCR過(guò)程(監(jiān)測(cè)擴(kuò)增效率)達(dá)到精確定量起始模板數(shù)的目的,同時(shí)以?xún)?nèi)對(duì)照有效排除假陰性結(jié)果(擴(kuò)增效率為零)。在國(guó)家沒(méi)有出臺(tái)陰陽(yáng)判定標(biāo)準(zhǔn)時(shí),所用PCR系統(tǒng)靈敏度最好達(dá)到一個(gè)拷貝(一個(gè)病毒)。從理論上說(shuō),只要有一個(gè)拷貝數(shù),樣本就算陽(yáng)性;一個(gè)拷貝數(shù)都沒(méi)有才算陰性。