發(fā)生在聯(lián)會時略有參差的兩條染色體區(qū)段間的交換。其結(jié)果使一條染色體具有重復(fù)，而另一條染色體具有缺失。染色體交換通常是對等的，即兩條同源染色體在對應(yīng)的位置上發(fā)生交換，發(fā)生交換的兩條染色體都不增加或減少任何基因。但如同源染色體聯(lián)合時不能準(zhǔn)確配對，交換發(fā)生在不對應(yīng)的位置上，結(jié)果使一條染色體缺少一部分，而另一條染色體則多了一小部分。這種不等交換最早是在果蠅的棒眼研究中發(fā)現(xiàn)的，重棒眼是由于果蠅X染色體上有3個16A區(qū)的重復(fù)，這種重復(fù)就是由于不等交換產(chǎn)生的。棒眼雌果蠅（兩條X染色體上各有2個16A區(qū)）的偶爾不等交換，如下所示（圖中表示X染色體中的一個16A區(qū)）：
棒眼雌果蠅的兩條X染色體配對時發(fā)生位置偏差，繼而發(fā)生不等交換，結(jié)果一條染色體中有一個16A區(qū)，另一條染色體則有3個16A區(qū)，含有這條染色體的雄果蠅就是重棒眼。由于重復(fù)而多余的基因可一再突變成為新基因，因此不等交換被認(rèn)為是進化過程中新基因的來源之一。
