近交是指有親緣關(guān)系的個(gè)體間的交配或配子的結(jié)合，包括自交(selfing)、全同胞交配、半同胞交配、表兄妹間交配和回交等。自交是近交的極端類型，一般只出現(xiàn)在植物界中，動(dòng)物界中是極其罕見(jiàn)的。同胞交配類似于自交，但純度低于自交。因?yàn)樽越坏拇菩叟渥佣紒?lái)自同一個(gè)個(gè)體，如果該個(gè)體是純種，則配子完全是相同的；同胞交配就不一定是完全相同的。

近交的一個(gè)最重要的遺傳效應(yīng)就是近交衰退，表現(xiàn)為近交后代的生活力下降，適應(yīng)能力減弱，抗病能力較差，或者出現(xiàn)一些畸形性狀。因此，在自然界中生存的動(dòng)物和絕大多數(shù)植物都是遠(yuǎn)交(outbreeding)的。但是，近交也有有利的一面。如自交或近交的后代純合性高，性狀比較整齊一致，如是作物就便于栽培管理。在經(jīng)濟(jì)作物中近三分之一左右是白花授粉的，如水稻、小麥、大麥、豌豆、菜豆、馬鈴薯和煙草等。由于自花授粉需要的花粉量少，在惡劣條件下，比異花授粉更有利于繁衍后代，所以在自然選擇作用下，保留了一些自花授粉的植物，在長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中，逐漸消除了自交的不利影響，成為具有較強(qiáng)生活力和適應(yīng)能力的穩(wěn)定類型。近交退化的一個(gè)重要原因是這種交配方式提高了隱性基因純合個(gè)體的出現(xiàn)頻率。生物在長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中，有不良效應(yīng)的基因多半以隱性基因狀態(tài)存在，以一定的頻率保留在群體之中，當(dāng)近親交配時(shí)，群體中不同個(gè)體攜帶的隱性基因?qū)⒂休^多的機(jī)會(huì)形成純合子，從而表現(xiàn)出不良的隱性性狀。

近交的遺傳效應(yīng)可用近交系數(shù)(coefficient of inbreeding)來(lái)表示，記作F。這是指一個(gè)個(gè)體從它的某一祖先那里得到一對(duì)純合的、等同的，即在遺傳上是完全相同的基因的概率。同一基因座上的兩個(gè)等位基因，如果分別來(lái)自無(wú)親緣關(guān)系的兩個(gè)祖先，盡管這兩個(gè)等位基因在結(jié)構(gòu)和功能上是相同的，仍不能視作遺傳上是等同的；只有同一祖先的基因座上的某一等位基因的兩份拷貝，才算是遺傳上是等同的。

兩個(gè)有親緣關(guān)系的個(gè)體交配，這兩個(gè)個(gè)體有可能從共同祖先那里得到同一基因；這兩個(gè)近親交配的個(gè)體，又有可能把同一基因遺傳給下代。此時(shí)，下代個(gè)體得到的一對(duì)等位基因?qū)⒉粌H是純合的，而且在遺傳上是等同的。得到這樣一對(duì)遺傳上等同基因的概率就是近交系數(shù)。例如，一個(gè)雜合體Aa自交得到的下代中，有一半是雜合子，一半是純合子。純合子AA或aa，不僅是純合的，而且是遺傳上等同的，因?yàn)榧兒献拥囊粚?duì)AA(或aa)，就是其雜種親本僅有的兩個(gè)等位基因中的一個(gè)(A或a)的兩份拷貝。自交第一代個(gè)體中，純合子占一半(1/2)，就是帶有遺傳上等同的兩個(gè)基因的個(gè)體所占比例，也就是近交系數(shù)。