在眾多模式生物中，最好用且最常用的生物有以下八種。首先是腸道細(xì)菌中的大腸桿菌，大腸桿菌在我們身體的大腸內(nèi)和肛門附近是很常見的細(xì)菌，也常常經(jīng)由尿道逆行而上進(jìn)行感染，最嚴(yán)重時，連腎臟都會受到傷害；它是細(xì)菌中被研究得較清楚的生物，也是分子生物學(xué)的必修細(xì)菌。其次是面包酵母和啤酒酵母，它們是單細(xì)胞真核生物，分別在制造面包和啤酒上扮演重要角色。而小的土壤生物線蟲，遺傳學(xué)上貢獻(xiàn)良多的果蠅，水族界中具有知名度的斑馬魚，及在植物界中不受歡迎的雜草阿拉伯芥，和每年約有二億美元產(chǎn)值但不太起眼的小鼠等都是。
線蟲──二○○二年的諾貝爾生理或醫(yī)學(xué)（Physiology or Medicine）獎由使用線蟲進(jìn)行發(fā)育與細(xì)胞雕亡遺傳研究的三位科學(xué)家布瑞納（Sydney Brenner）、霍維茲（H. Robert Horvitz）及蘇斯頓（John E. Solstun）共同獲得。線蟲是目前發(fā)育生物學(xué)上重要的模式生物，它的構(gòu)造簡單，生長快速，可大量養(yǎng)殖，易于產(chǎn)生突變。此外它的細(xì)胞數(shù)目以及細(xì)胞命運圖譜幾乎固定，并且易于追蹤。而將線蟲提升到如此地位的正是英國科學(xué)家布瑞納，他在六○與七○年代對于線蟲所進(jìn)行的研究，讓我們對細(xì)胞分裂與分化的調(diào)控有更多的了解。而線蟲也因而成為重要的模式生物。線蟲研究的另外一個重大成功便是關(guān)于細(xì)胞雕亡的研究，在線蟲的發(fā)育過程中，總共產(chǎn)生了 1,090 個細(xì)胞，但是最終的成體卻只有 959 個細(xì)胞，而其余的 131 個則在發(fā)育的過程中因受到調(diào)控而死亡。細(xì)胞雕亡的調(diào)控機制在各種動物中相當(dāng)類似，而這些知識主要來自于線蟲的研究。美國麻省理工學(xué)院的霍維茲與英國圣格中心的蘇斯頓對此也都有重要的貢獻(xiàn)。蘇斯頓也是線蟲基因定序計劃的負(fù)責(zé)人之一，線蟲的基因定序在一九九八年完成，也是第一個完成基因體定序的多細(xì)胞動物。
斑馬魚──身體細(xì)長、尾部稍微側(cè)扁，臀鰭較長，尾鰭呈叉形。體側(cè)有像斑馬一樣的縱向條紋，其背部是橄欖色，而條紋是銀藍(lán)色，在體側(cè)從鰓蓋后一直延伸到尾部末稍，在臀鰭上也有與體側(cè)相似的條紋。體長是 4 ~ 6 厘米。雌雄鑒別較容易，雄魚的藍(lán)色條紋偏黃，間以檸檬色條紋；雌魚的藍(lán)色條紋偏藍(lán)而鮮艷，間以銀灰色條紋，身體比雄魚豐滿粗壯，各鰭均比雄魚短小。飼養(yǎng)容易，對水質(zhì)要求不嚴(yán)，水質(zhì)為中性，水溫以攝氏 22 ~ 26 度為宜。其耐熱性和耐寒性都很強，在攝氏 10 度以上的水中很容易地生長，屬低溫低氧魚，很少患病，極易飼養(yǎng)。繁殖比較容易，每尾雌魚每次產(chǎn)卵約三百余粒，體型較大者有時可產(chǎn)上千粒。受精卵約經(jīng) 36 小時孵化，兩天后幼魚卵黃囊消失，可游動攝食。幼魚約二個月后可辨雌雄，五個月可達(dá)性成熟，每年可繁殖 6 ~ 8 次。
海膽──第一個被用作模式生物的是海膽，它的胚胎對早期發(fā)育生物學(xué)的發(fā)展有舉足輕重的作用。早在一八七五年，奧斯卡‧赫特維格（Oscer Hertiwig, 1849-1922）就開始以海膽為材料研究受精過程中細(xì)胞核的作用，一八九○年后，海膽更在受精和早期胚胎發(fā)育的研究中擔(dān)任重要角色。一八九一年，漢斯‧德瑞希（Hans Driesh, 1876-1941）在海膽中完成了胚胎分裂實驗，為現(xiàn)代發(fā)育生物學(xué)奠定了第一塊理念里程碑。他在顯微鏡下把剛剛完成第一次分裂的海膽一分為二，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，分開后的兩個細(xì)胞各自形成了一個完整幼蟲。這一實驗的意義在于證明胚胎具有調(diào)整發(fā)育的能力，并顛覆了盛行一時的機械論發(fā)育思想。
果蠅──學(xué)名是黑腹果蠅，蒼蠅的親戚，是遺傳學(xué)和分子發(fā)育生物學(xué)的國王，是在海膽之后獲得生物學(xué)家青睞的模式生物。它在近代生物學(xué)史上的地位顯赫，這紅眼睛黑肚皮的小東西曾經(jīng)三度飛進(jìn)卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院的頒獎大廳，為主人取回諾貝爾生理醫(yī)學(xué)獎桂冠（一九三三年摩爾根，一九四六年繆勒，一九九五年劉易斯、尼爾森－沃哈德和維斯郝斯）。由于它們繁殖迅速、染色體巨大且易于進(jìn)行基因定位，因此自一九○九年摩根（Thomas Hunt Morgan, 1866-1945）把它用作研究遺傳變異和染色體關(guān)系的材料之后，果蠅就成為經(jīng)典遺傳學(xué)家揭示遺傳規(guī)律的一張王牌。雖然一九四○年代后的 30 年中，更易進(jìn)行分子生物學(xué)操作的大腸桿菌、酵母菌和噬菌體等微生物一度取代了它的輝煌地位，但一九七○年開始人們發(fā)現(xiàn)果蠅在胚胎發(fā)育圖式的構(gòu)建中具有特殊地位：它由 14 個體節(jié)構(gòu)成的軀干完全對稱，一套基因控制了這些體節(jié)從上到下的發(fā)生過程，后來的研究證明，這套基因普遍存在于從昆蟲到人的基因組中，是決定機體左右對稱布局形成的最基本元素。因此，果蠅再次引起人們的高度興趣，其在遺傳和發(fā)育研究模式生物中的地位又變得舉足輕重起來。
阿拉伯芥──十字花科小野草，既不能吃又不好看，早期未受重視。但在分子生物學(xué)及遺傳工程技術(shù)快速發(fā)展下，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)從阿拉伯芥中分離出的基因最簡單，從此大家的眼光通通轉(zhuǎn)到它身上。透過對阿拉伯芥基因運作的認(rèn)識，可協(xié)助了解許多可供食用的植物，如供給家畜飼料的牧草和黃豆、小麥、玉米、水果和其它農(nóng)作物等。
研究人員如何能從千萬種生物中挑出完美的材料呢？所有中選的小動物，必須具備以下屬性和特性。首先必須實用性高，取得成本便宜，而且供應(yīng)量大。其次必須容易安置，最好只需要一個小而單純的空間。其三必須可以直接繁殖后代，而且世代間隔短，能生產(chǎn)大量子代。最后必須在實驗室中容易操作處理，倘若又具有小量且不復(fù)雜的基因組，則情況更佳。