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1、環(huán)境
活魚微生物很大程度受所處環(huán)境的影響，淡水魚的微生物與淡水中微生物類似；海魚則具有海洋微生物。
2、食性差異
魚食性差異影響魚腸內(nèi)細(xì)菌的組成，攝氏動物性食餌者，以大腸埃希氏菌、鏈球菌、魏氏梭菌等分解蛋白的細(xì)菌占優(yōu)勢；攝氏植物性食餌者，嗜酸桿菌、雙歧桿菌居多。
3、捕捉海域
在溫帶捕捉的魚，嗜冷菌比例大；在亞熱帶、熱帶捕捉的魚，嗜溫性細(xì)菌較多。
4、污水污染
當(dāng)污水流放到天然水中時，水被糞便污染，腸道致病菌就會附著于魚體表、鰓或吞入腸道內(nèi)。
5、其他
魚捕撈上岸后，有的微生物開始死亡。但在運輸及加工過程中，又會接受新的污染，種類和數(shù)量均會發(fā)生變化。
1、魚的微生物主要分布于魚的體表、魚鰓與腸道。通常情況下魚肉應(yīng)該是無菌的。魚皮膚及鰓上的細(xì)菌數(shù)量是
102—108CFU/cm,腸道內(nèi)為103—108CFU/cm/L.
2、魚體表及鰓的微生物區(qū)系也反映了魚所生活的水中的微生物種類。淡水魚體表的假單孢菌屬、無色菌屬、氣單孢為優(yōu)勢菌；海水魚以假單胞菌屬、無色菌屬、弧菌屬、黃桿菌屬及微球菌屬為優(yōu)勢菌。
3、魚也有酵母菌，常見于鰓及粘液層。
4、真菌在魚肉不如畜肉中多，其原因可能是魚體上水膜使其與空氣隔絕的緣故。
5、與體表相比，埃希氏菌屬和厭氧性細(xì)菌在腸道中多見，假單孢菌屬及微球菌屬比表皮上少。
6、魚腸中大腸桿菌有兩類，即人大腸桿菌及魚大腸桿菌。
7、魚腸內(nèi)存在的對人致病的微生物常是污染的，還發(fā)現(xiàn)腸道病毒。
8、魚鰓是魚對微生物最易感的部位，魚感官性狀的改變最早出現(xiàn)在鰓。
9、新鮮的魚肉是無菌的，在0℃保持干燥，魚體表也很少有菌生長。
1、副溶血性弧菌被列為食物中毒的重要病原菌。日本每年細(xì)菌性食物中毒病人有50-70%是由此菌引起。我國沿海城市如江蘇、上海、浙江等地是副溶血性弧菌食物中毒流行的主要地區(qū)。該菌感染劑量為106-108，食物被污染時菌量可能很少，但是它生長速度快，在室溫就能生長。該菌生長最適宜溫度是35-37℃，最適Ph7.5.
2、據(jù)CDC公布資料，肉毒中毒中魚的重要性占各種食品中第二位，在日本則居首位。肉毒中毒因吃魚發(fā)生的爆發(fā)主要是E型，E型芽孢的抵抗力較低，芽孢的耐鹽力不如A型和B型。通常情況下，冰凍可以阻止細(xì)菌生長和產(chǎn)毒，但不能殺死或滅活毒素。肉毒毒素對肉缺乏抵抗力，A型80℃5-6分鐘，B型90℃15分鐘，E型耐熱不及A及B。
3、沙門氏菌也是可通過魚傳播的致病菌之一，魚污染沙門氏菌是比較常見的。沙門氏菌在鯰魚中檢出率占25%，墨魚中占14%。以上魚都是冰凍的，沙門氏菌在低溫下仍能存活。
4、魚也會攜帶其它種類的微生物如霍亂弧菌、李斯特氏菌等。
5、魚的二次污染機會很多，冰凍魚從運輸?shù)郊庸r細(xì)菌處于低水平，加工后呈10倍上升。油煎魚中溶血性鏈球菌、大腸菌群數(shù)降低，但抵抗力強的葡萄球菌、微球菌及一些厭氧菌有時仍存在。煮過的魚會再度污染葡萄球菌、沙門氏菌，葡萄球菌陽性率可達(dá)75%。
貝類中和人健康關(guān)系最大的是雙殼綱也叫無頭綱。
牡蠣：食用牡蠣引起的腸道傳染病事件中絕大多數(shù)是傷寒，也有霍亂、副溶血性弧菌等。到目前為止，預(yù)防食用牡蠣所致感染的最好辦法是自凈：即將可能受到污染的牡蠣放養(yǎng)在清潔的海水中，一般7-10天基本達(dá)到自凈。
毛蚶：俗稱瓦楞子，養(yǎng)殖兩年成熟。1982-1988年，上海發(fā)生過兩次由毛蚶引起的甲型肝炎。毛蚶也受海水中致病性弧菌的污染。
蛤：蛤有很多種，文蛤是其中之一。文蛤可污染霍亂弧菌、副溶血性弧菌、甲肝病毒等。
